Прекиди првенства условљавани су неслогом међу подсавезима, а врхунац је досегнут 1929, кад је распуштена Скупштина ЈНС. После три месеца кризе, у фебруару 1930. дошло је до помирења. Сазвана је ванредна Скуштина ЈНС. Одржана је 16. маја у Загребу и том приликом изгласана је сеоба у Београд и промена имена у Фудбалски савез Југославије. Од тада, па све до окончања распада федерације, заједничка кућа фудбала налазила се у српском престоном граду.

urugvajДок су се функционери свадјали, фудбал је цветао, а врхунац је доживео на Првом првенству света 1930. у Уругвају. Због непомирљивих свадја, Загребачки подсавез забранио је фудбалерима из Хрватске да играју за репрезентацију, па је државни тим у Уругвај отпутовао сачињен само од играча из српских клубова. Ускоро су из далеке земље почеле да стижу лепе вести, а послења је била да је тим српских фудбалера у коначном обрачуну поделио треће и четврто место.

Успех на Мондијалу дао је замајац српском фудбалу и клубови, предвођени БСК-ом, доминирали су државном сценом све до почетка Другог светског рата.

Ратни вихор на кратно је зауставио игру, али живот је пробио баријере, па се фудбал играо и током окупације. У том периоду стасали су играчи који су прославили југословенски и српски фудбал у другој половини двадесетог века.

Крај рата означио је почетак обнове, а после пустошења требало је обновити и фудбалска игралишта и стадионе, са њима и клубове. У Београду је 25. фебруара 1945. основан Металац, касније преименован у БСК, па ОФК Београд, као наследник традиције славног предратног Београдског спорт клуба. Црвена звезда је засијала 4. марта 1945, а Партизан 4. октобара исте године. Обновљени су новосадска Војводина, чачански Борац, ужичка Слобода и многи други...

Повећање броја клубова поново је условио стварање јединствене организације и 28. августа 1948. поново је оформљен Фудбалски савез Србије. Ускоро, тачније 8. и 9. септембра 1948. обновљен је и рад Фудбалског савеза Југославије.

За скоро пола века постојања СФР Југославије, и касније током заједнице са Црном Гором, Фудбалски савез Србије увек је био доминирајући чинилац. Непрестано се развијајући, постао је организација са близу две хиљаде клубова који се у разним категиријама такмиче у 338 лига, у којима игра близу 125.000 фудбалера свих узраста. Као такав увек је био у могућности да пресудно утиче на квалитет и обим фудбала у држави.

Све то време, ФСС је развијао и стручни кадар којим је одржавао доминацију. Поред седам предратних титула БСК (5) и Југославије (2), до осамостаљења је у ФСС стигло још 46 титула државног првака (Црвена звезда 24, Партизан 19, Војводина 2, Обилић 1) и 36 пехара намењених победнику националног Купа (Црвена звезда 21, Партизан 9, ОФК Београд 4, Сартид 1, Железник 1) и као највреднији трофеј, Куп шампиона који је Црвена звезда освојила 1991.

Снагу је ФСС више пута доказао као учесник у организацији великих такмичења, попут финала Купа шампиона 1973. (Јувентус - Ајакс 1:0) и завршног турнира Купа нација 1976.

С коначним распадом федерације, односно оцепљењем Црне Горе, 28. јуна 2006. Фудбалски савез Србије је постао и државна кућа фудбала и примљен је у чланство ФИФА и УЕФА, као правни наследник свих претходних државних савеза чији је део био. Тиме су светска и европска федерација признале континуитет фудбала на тлу Србије и одлучујућу улогу српског савеза у креирање историје ове игре на подручју западног Балкана још од краја 19. столећа.